Sampel untuk Mikrobiologi

Pengumpulan dan Pengolahan Sampel   untuk Mikrobiologi

Keberhasilan diagnosis mikrobiologi tergantung pada banyak faktor, antara lain: pengumpulan dan transportasi sampel yang representative.     Bagian ini menjelaskan tentang koleksi sampel/spesimen, pemrosesan, dan rekomendasi khusus untuk setiap jenis spesimen.

Salah satu aturan  paling penting dalam pengambilan spesimen adalah  mengumpulkan sampel dari situs anatomi yang benar,   contoh  lesi dangkal tidak berguna dalam mengidentifikasi penyebab infeksi luka dalam. Waktu pengambilan sampel juga penting, misalnya sampel harus dikumpulkan sebelum pemberian antibiotik.

Secara umum, selain spesimen tinja,    teknik   dan peralatan steril harus diterapkan.   Potongan jaringan atau bahan sebaiknya disedot daripada  diusap.     Volume spesimen yang dikumpulkan harus mencukupi, sesuai jumlah tes yang diminta.  Spesimen harus ditempatkan dalam wadah anti bocor dan berlabel. Penggunaan kontainer jenis tertentu, berisi media khusus atau pengawet mungkin diperlukan. Wadah kemudian ditempatkan dalam kantung Biohazard untuk transportasi ke laboratorium. Setiap spesimen harus disertai dengan blangko permintaan   yang berisi semua informasi yang diperlukan untuk mengevaluasi specimen,  yang memuat nama pasien, usia, jenis kelamin, nomor identifikasi, lokasi, nama dokter, waktu dan tanggal koleksi, jenis spesimen, diagnosis, dan uji yang diminta. 

Transportasi spesimen ke laboratorium harus cepat, secara optimal dalam waktu kurang dari 2 jam. Untuk keterlambatan transportasi, spesimen harus didinginkan; kecuali darah, cerebrospinal fluid (CSF), dan spesimen yang  diperiksa untuk anaerob, organisme yang rewel seperti Neisseria gonorrhoeae danBordetella pertussis, serta Trichomonas vaginalis, yang semuanya harus dipertahankan pada suhu ruang.

Setibanya di laboratorium, spesimen dan blangko permintaan diperiksa untuk memastikan bahwa semua kriteria terpenuhi. kriteria minimum untuk spesimen yang bias diterima   tercantum dalam Tabel  1.  Selain itu, beberapa spesimen mungkin tidak diterima untuk prosedur mikrobiologi tertentu. Sebagai contoh, beberapa spesimen tidak dapat diterima untuk biakan anaerob (Tabel  .2) karena flora normal anaerob yang terkandung dalam spesimen akan menyulitkan untuk membedakan patogen dari nonpathogen.    Jika informasi tentang permintaan tidak lengkap, petugas laboratorium harus meminta orang yang bertanggung jawab untuk memberikan informasi sebelum memproses spesimen lebih lanjut. 

TABEL  1. CONTOH KRITERIA PENOLAKAN

Suhu Transportasi yang tidak tepat   Kontainer   atau media transport yang tidak tepat Waktu transportasi yang lama Spesimen Tidak berlabel    Kontainer Pecah atau retak   Spesimen Bocor Specimen kering Spesimen yang tidak tepat untuk uji diminta Volume yang tidak memadai Spesimen di fiksatif (untuk kultur) Sampel lebih 24-jam (untuk biakan urin, dahak   kotoran)

TABEL .2. SPESIMEN YANG TIDAK UMUM UNTUK BIAKAN  ANAEROBIK

Swab Tenggorokan, nasofaring, atau gingiva   Sputum Cuci atau sikat Bronkial  , lavage,   (kecuali jika diambil dengan kateter lumen ganda tertutup) Kuras lambung dan usus Ileostomy dan kolostomi efluen Urin Voided atau catheterized   spesimen saluran kelamin melalui vagina   usapan Permukaan ulkus, luka, dan abses

Semua spesimen harus dianggap mengandung agen menular dan karenanya harus dikumpulkan dan ditangani dengan menggunakan tindakan pencegahan standar. kewaspadaan standar adalah setara dengan kewaspadaan universal yang dirancang untuk mengurangi resiko penularan mikroorganisme. Ini termasuk penggunaan sarung tangan, jas lab, masker, dan kacamata pelindung.    Spesimen   untuk mendeteksi mikobakteri atau jamur harus dilakukan dalam kabinet biologis kelas II.

Banyak spesimen  untuk deteksi bakteri diuji secara langsung menggunakan pewarnaan Gram, dan Pewarnaan Tahan Asam jika   dicurigai mikobakteri (BTA).  Beberapa spesimen   untuk mendeteksi jamur   diperiksa secara langsung dengan kalium hidroksida (KOH) dan / atau Calcofluor

  Spesimen tinja dapat langsung diperiksa untuk parasit dengan metode preparat basah   tetapi lebih sering ditempatkan dalam fiksatif dan diperiksa setelah prosedur konsentrasi. Teknik  untuk pemeriksaan spesimen langsung lainnya, seperti Direct   fluorescent antibody (DFA), enzim immunoassay (AMDAL), dan hibridisasi DNA atau tes amplifikasi digunakan hanya dalam situasi khusus.

  Jenis media yang digunakan untuk mengisolasi bakteri dan jamur,  antara lain media diperkaya, nonselektif, selektif, atau media diferensial. Virus adalah parasit intraseluler obligat dan hanya dapat dibiakkan dalam sel mamalia, yang ada tiga kategori utama:  primary, low-passage finite, and continuous cell lines.   Dengan sedikit pengecualian, biakan parasit umumnya tidak dilakukan.

Kebanyakan biakan  bakteri diinkubasi selama 2 sampai 3 hari. Mikobakteri dan kultur jamur diinkubasi selama 6 minggu,   kultur sel diinkubasi dengan  panjang waktu tergantung pada sumber spesimen dan laju pertumbuhan virus   (Tabel  .3).       Teknik cepat yang digunakan untuk membiakkan beberapa virus memerlukan 24-72 jam inkubasi. Suhu inkubasi biasanya 35 ° C untuk bakteri dan virus serta 30 ° C untuk jamur. Berbagai kondisi atmosfer yang digunakan antara lain ambien, penambahan CO2  , mikroaerofil, dan anaerobik.

TABEL .3. Waktu  PERTUMBUHAN Viral

Virus Pertumbuhan (hari) Adenovirus         2-10 Sitomegalovirus 5-28 Enterovirus 2-8 Herpes simpleks 1-7 Influenzavirus 2-10 Penyakit gondok 5-10 Parainfluenza 4-10 Respiratory syncytial virus 3-10 Rhinovirus 4-10 Varicella-zoster 5-28 Diadaptasi dari Forbes BA, San DF, Weissfeld AS, eds. Bailey dan Scott diagnostik mikrobiologi, 10th ed.St Louis, Mosby, 1998.

•  

JENIS SPESIMEN MIKROBIOLOGI

• DARAH
• Cerebrospinal FLUIDA
• EAR
• EYE
• Saluran pencernaan
• Saluran genital
•   SALURAN PERNAPASAN BAWAH
•   SALURAN PERNAPASAN ATAS
• JARINGAN
• URINE
• KULIT DAN lesi subkutan

BAP

Agar Darah (BAP) adalah  media diferensial digunakan untuk membedakan secara signifikan  biakan bakteri dari pesimen klinis  dahak dan usap tenggorokan penderita.   BAP berisi darah domba 5%.  Bakteri tertentu menghasilkan enzim (hemolysins) yang bekerja pada sel darah merah dalam BAP terhadap pelet atau menghancurkan mereka.

Pola hemolisis Agar Darah

Ada tiga pola hemolisis  yang kemungkinan dapat diamati ketika organisme tumbuh pada Agar Darah (BAP) : 

hemolisis Beta hemolitik berarti bahwa enzim bakteri melisiskan sel-sel darah secara total. Hasil pola β-hemolisis di media menampilkan lingkaran jernih yang jelas di sekitar koloni bakteri. Streptococcus pyogenes, bakteri radang tenggorokan, adalah organisme B-hemolitik yang sering ditemukan pada spesimen swab tenggorokan

Alpha hemolisis (α-hemolisis) berarti bahwa enzim bakteri hanya  memecah sebagian sel-sel darah. Hasil   di media menunjukkan / kekuningan kehijauan / perubahan warna kecoklatan  di sekitar koloni, menunjukkan hemolisis tidak lengkap. 

Gamma hemolisis  pada dasarnya adalah tidak hemolisis sama sekali, bahwa bakteri tidak berpengaruh pada sel-sel darah merah dan tidak ada perubahan warna medium.

  Jika pada Plate Agar Darah terjadi Hemolisis Beta, apa interpretasinya?

Beta hemolisis pada BAP tidak selalu menunjukkan radang tenggorokan. Ada mikroba lain yang   menghasilkan B-hemolisis, termasuk beberapa bakteri gram negatif enterik (bakteri kotoran).

Pertama,  lihat karakteristik morfologi koloni  dan bentuk permukaan koloni pada media.   Koloni Streptococcus pyogenes bentuknya   sangat kecil (punctiform), berbeda dengan koloni bakteri Gram-negatif yang   bentuknya   lebih besar dan  berlendir.
  

Kedua, ada cara yang lebih tepat untuk menentukan apakah  bakteri tersebut Strep-hemolitik.  Tanam sampel tenggorokan ke Bood Agar, kemudian tempelkan disk antibiotik bacitracin. Bacitracin menghambat pertumbuhan Streptococcus. Oleh karena itu, jika, setelah inkubasi, BAP menunjukkan koloni Beta-hemolitik yang tidak  tumbuh di dekat disk bacitracin, berarti ini  bakteri Strep. tenggorokan (S. pyogenes).

Sumber Tambahan Mikrobiologi

Untuk informasi lebih lanjut tentang Mikrobiologi, lihat SPO Kelas Virtual Mikrobiologi   , atau Todar Online Textbook of Bacteriology .

MANITOL SALT AGAR

 Manitol Salt Agar (MSA) merupakan media pertumbuhan khusus bakteri halophiles   dan dapat membedakan Staphylococcus patogen dan nonpathogenic.

 

Apakah MSA termasuk media selektif? 

 Manitol Salt merupakan media selektif karena memiliki konsentrasi yang sangat tinggi NaCl (7,5%).  . Kebanyakan bakteri tidak dapat bertahan hidup di lingkungan kadar garam sangat tinggi ( hipertonik). Tapi genus Staphylococcus  mungkin sudah beradaptasi  dengan lingkungan tinggi kadar garam   dan tumbuh baik di media ini

Manitol Salt Agar  Apakah termasuk media Diferensial?

Produk  yang dihasilkan bakteri adalah asam organik, mengubah indikator pH di MSA dari merah ke kuning cerah. Staph patogen, seperti Staphylococcus aureus, adalah fermentor manitol, dan ketika tumbuh pada Manitol Salt Agar, dapat merubah warna merah media  MSA menjadi kuning cerah.

Media MSA juga tergolong media diferensial karena mengandung indikator yang mengidentifikasi jenis Staphylococcus yang menghasilkan asam organik dari fermentasi manitol (metabolisme manitol, sejenis alkohol). Sebaliknya, Staph nonpathogenic seperti Staphylococcus epidermidis (Staph  epi) flora normal yang tumbuh pada kulit manusia, tidak fermentasi manitol,.dan apabila S.  epi  tumbuh di MSA maka warna alami dari agar-agar tidak berubah (tetap oranye-pink)  karena S. epidermidis tidak makan manitol sehingga tidak memproduksi asam  organik.

 

  

METODE TES dan TEKNIK BAKTERIOLOGI

Manitol Salt Agar (MSA)	Glucose broth dengan tabung Durham	Blood Agar Plates (BAP)	Teknik Inokulasi	Bile Esculin Agar	Sulfur Indole Motility Media (SIM)  Media
Kliger's Iron Agar (KIA)	Nitrate Broth	Catalase Test Uji katalase	Oxidase Test Uji oksidase	Coagulase Test Koagulase Test	Taxos A (bacitracin sensitivity testing)
Taxos P (optochin sensitivity testing)	MacConkey agar	Simmon's Citrate Agar	Spirit Blue agar	Starch hydrolysis test	Methyl Red / Voges-Proskauer (MR/VP)
CAMP Test	Urease test	Motility Agar